testování coronaviru

Je úterý 10.3. 2020. Hlavní správy na seznam.cz hlásí 53 případů coronaviru a jen za dnešek 18 nových případů. Nejen v naší malé zemi se šíří panika . Mizí toaletní papír i v Japonsku známém ohleduplností. Němci propadají panice, poprvé zřejmě něco nezvládnou , motto „ Das schaffen wir“ jde stranou. Univerzity v USA se zavírají, v Čechách i základní školy . Osoby starší 50ti let, kteří nemají přístup k internetu v takové míře jako nastupující generace nakoupí  v nejbližším hypermarketu o 2 pytlíky rýže více . Mladí, nasávající informace z internetu, kteří navštívili jako každý rok Itálii se dávají testovat na přítomnost Coronaviru . Proč po testování prahnou hlavně mladí, naprosto zdraví lidé doposud věřící ve svoji nesmrtelnost je nasnadě . Virová epidemie pro ně přestavuje stejné vzrušení jako shlédnutí hollywoodského hororu Svítání neboť mít Coronavirus a přežít je tak sexy jako se zamilovat do upíra . I v případě úmrtí by jejich smrt byla jistě výjimečná naprosto odlišná od prozaických chorob jako ucpání cév v mozku nebo srdci u jejich nemoderních rodičů. Možná proto bude většina vyděšených obětí současného informačního proudu ženského pohlaví nebo jedinců s doposud neotřesitelným morálním postojem ale bez jakýchkoliv zkušeností a znalostí. Ve všech zprávách o chorobě se objevují informace téměř po minutách o stoupajícím počtu lidí pozitivně testovávaných na přítomnost viru. Čísla jsou neúprosná – raketově stoupají. Pokud vás zajímá pravděpodobnost onemocnění a positivity výsledků testů - můžete si stáhnout naše poznámky k této problematice v sekci download nebo pokračovat ve čtení zde. 

Otázka , která nebyla zatím po celou dobu položená   .  Existuje  vůbec epidemie  Coronaviru v  České republice ? 

 
Jak je    diagnostikován   Coronavirus?
     Základem stanovení  každé  diagnózy jako je   mor,   syfilis ,  aids nebo zlomeniny je potvrzení diagnosy testem  , který je  pro tuto diagnosu typický . Pro   diagnosu infekce je    většinou  typický odběr  krve a jeho vyhodnocení v laboratoři , jako je typické pro stanovení     zlomeniny  například rentgen.
    Pro většinu pacientů  Coronavirem   kteří  onemocní touto chorobou jsou dnes dostupné  2 metody  jeho diagnostiky

    1. přítomnost koronaviru   potvrzeny odběrem   biologického vzorku a vyšetřeným metodou PCR, což je diagnostická metoda zjišťující přítomnost genetické informace typické pro  Coronavir
    2. přítomnost závažného nálezu na   CT    plic  u závažných forem onemocnění , který odpovídá Coronavirové  infekci.

Zatím jsme v naší sdělovacích prostředcích  slyšeli vždy  o   pozitivitě laboratorního testu pomocí  metody  PCR. Musíme se tedy zeptat se jakou přesností tento test potvrdí diagnózu infekce  Coronaviry.

Test  pro stanovení  jakékoliv choroby má 2 základní charakteristiky:
    • První charakteristika je senzitivita tzn. s jakou přesností   test odhalí nemocného pacienta. To znamená , že  pacient, který dostane chorobu bude testem odhalen.
    • Druhá  charakteristika  vyšetřovací metody   je specificita testu  , tzn. s   jakou pravděpodobností  test  vyloučí  , že zdravá , vyšetřovaná    osoba  není nemocná.

Obě charakteristiky   jsou u přítomné v každém testu. Některé testy jsou více senzitivní, některé jsou hodně specifické a bohužel  často senzitivita testu a specificita testu jdou proti sobě.  Čím více  nemocných lidí test chce odhalit, tím více označí test zdravé  lidi za nemocné.

 

Budou existovat tyto 4   kombinace   testů a  vyšetřovaných lidí   
viz tabulka s možnostmi  co se stane  po   aplikaci testu na   populaci.

Pro PCR   test    diagnózy  Coronaviru   je senzitivita 70%. Bohužel pro specificitu   diagnózy  testu Coronaviru nemáme přesné údaje.  Budeme předpokládat 90%  což jena první pohled     vysoké číslo. Stručně by se dalo říct, že pokud jste zdráv,  tak u  90 ti procent  vyšetřených metodou  PCR,   tento test řekne, že se   nemusí bát a  nemusíme je  izolovat od ostatních. Co bychom mohli zjistit,  pokud  bychom   tyto   parametry  testu převedli na  následující příklad.

Představme si jakýkoliv  den v polovině ůnora  ve kterém bylo v České republice hlášeno 10 pacientů s Coronavirem.   Co by PCR   test, jehož výsledky  nám  každý den  dávají jako důkaz   přítomnosti onemocnění   v České republice   zjistil  , pokud bychom  vyšetřily všechny  lidí s možnou nákazou.  

Předpokládejme , že za 3 měsíce navštívily    Itálii,  Čínu, Irán a   exotické  destinace    100 000     Čechů a   během 3 měsíců každý z nich  pocítil příznaky, které by mohly znamenat infekci s Coronavirem.  Měl by  rýmu,  teplotu, bolela ho hlava a  necítil se dobře.
Podívejte se na následující obrázek , které v   názorně ukáže    problém   spojení  údajné  positivity testu  s diagnosou coronaviru.   

 

 

 

Na tomto obrázku  zhruba 100 000 lidí    .Předpokládejme , že víme, že   na  náměstí   je  přítomno 10  těchto nakažených pacientů,  které ale nedokážeme z pohledu z balkonu  odhalit . Nevíme , zda  skandují   u koně ,      zpívají na pódiu   nebo  jsou uprostřed náměstí.    

 

Co  udělá dychtivý vědec  aby odhalil všechny nakažené?
V polovině února  provedeme  odběr krve u všech těchto lidí,kteří se shromáždí  na Václavském náměstí. Laboratoře budou   chtít odhalit 10  nemocných a odlišit   zbývajících 99 990  zdravých účastník.

Výsledkem  odběrů bude získání těchto výsledků.

Po vyšetření  100 000   lidí na  Václavském náměstí  má  positivní test  7 nemocných a 9999 zdravých lidí . V případě pozitivity testu tedy máte pravděpodobnost choroby pouze  7 :  10006,   to je zhruba    jeden z tisíce      testovaných  s positivním  výsledkem  lidí má skutečně chorobu  !!!!!. 

Dalo  by se také říci , že až bude  nahlášeno     10006  positivních výsledků,  konečně bude  na náměstí přítomno 7 nemocných.     

 

Positivní laboratorní  test  neznamená  chorobu. A to je nutné stále opakovat nejen v případě Coronaviru ale i jakýchkoliv   jiným  testů. Pozitivita testu na Coronavirus  znamená v současné době asi velmi malou pravděpodobnost skutečné choroby, pokud  neležíte na ARO  na dýchacím přístroji a máte atypické příznaky  zánětu plic , který nereaguje na  antibiotika.  
 
To je i důvod proč se Coronavirus objevuje u mediálně známých osobností.  Důvod je  jediný,  tito většinou  narcističtí  představitelé    medií  a    politiky , se při sebemenším důvodu  dávají vyšetřovat.   A protože jsme si řekli, že každý 10 test je positivní u testu se specificitou 90% , pak se nám objevují každý den na stránkách novin tyto ´´ výjimečně ´´  nemocné  osoby.    Tito lidé mají ke své škodě  bohužel      usnadněný   přístup  k diagnostickým testům. !!!!  
 
Americký herec Tom Hanks a jeho manželka Rita Wilsonová zůstávají po nákaze novým koronavirem v Austrálii. Třiašedesátiletý herec a jeho stejně stará manželka jsou nyní v izolaci ve městě Gold Coast na východě země.

Jaká je pravděpodobnost   být positivní na  Coronavirus v Australii , kde je zatím několik případů  a být   zároveň Tom Hanks?   

Předchozí   matematická úvaha nyní  čtenářům  objasní, proč některé země  neprovádí  plošné  diagnostické testy.   Odpověď -protože jsou drahé, protože jsou nepřesné a  protože nepomáhají v léčbě.  
 

Samotná  pozitivita testů PCR   v laboratoři    má a pokud matematika funguje   velmi malý  význam pro definitivní stanovení  diagnosy  v případě   výskytu Coronaviru  na začátku epidemie  a každý desátý test      musí     positivní  ( falešně positivní )    i když  je pacient  zdráv.  Pokud bychom před l rokem na Václavském   náměstí  vyšetřili,  ještě v době před rozvojem Coronaviru  všechny    účastníky, bylo by na konci  vyšetřování   diagnostikováno Coronavirem 10%  účastníků na tuto  chorobu, kterou neměli  jelikož v té době ani neexistovala.     

Co se stane  s  výpovědní  hodnotou testu na Coronavirus za půl roku , až v  Německu  bude nakaženo polovina  národa, jak předpověděla kancléřka  Merkelová ?

Představte si opět Václavské  náměstí , na kterém opět bude 100 000 demonstrace.   Tentokrát  bude nakažená polovina účastníku  z demonstrace. To znamená  50 000 nemocných ze 100 000 účastníků.

 

 

 

 

 

 

 

 

V tomto případě bude u  positivních laboratorních výsledků  nalezena     u     nakažených s    Coronaviru.  Pravděpodobnost choroby  je v případě  pozitivity  testu  výrazně vyšší než na začátku choroby . To je  35 000 : 40 000 ----  87 %.    

 

Uvědomte si , že diagnostický test  hození  korunou   hlava – nemoc   a panna orel  má   50 % pravděpodobnost správného výsledku a při takto promořené populaci  je testování skoro zbytečné.
 
Vidíte ze dvou  předchozích příkladů , že   prováděné    testy  je vždy stejné,  ale jejich význam pro stanovení diagnosy   se mění.    Existuje  rozdílná  pravděpodobnosti  pro přítomnost choroby v závislosti   na    epidemiologické situaci.    Rozšíření  nemoci v populaci mění i   hodnocení výsledků testů.  Nikdy nespojujte pozitivitu testu s chorobou ! Nelynčujte nikoho s positivním výsledkem na Coronavirus  .

Testy neprovádíme  ke zjištění  diagnosy, ale  pravděpodobnou     diagnosu    potvrzujeme pomocí testů tj.  Klinická zkušenost lékaře  při stanovení  diagnosy se potvrdí testem.  Nemůže dojít k tomu, aby lékař objednal test bez rozmyslu a tento test vytvořil diagnosu.  Posláním  lékaře není často stanovit diagnosu, ale hlavně   pomoci  .  V případě závažného   postižení plic u Coronaviru   budou  lékaři potřebovat    ventilátory,  nikoliv diagnostické testy.     

 Chtít otestovat celou populaci v  současné době   laboratorními  testy   na Coronavirus  může snad jen blázen , majitel soukromé laboratoře nebo zaměstnanec soukromé laboratoře nebo kombinace těchto vlastností.

„I kdybych o takové dohodě věděla, nesouhlasila bych s ní. Státní zdravotní ústav nemůže saturovat požadavky celého okolí,“ řekla serveru Lidovky.cz vedoucí soukromé laboratoře Tilia Laboratories Soňa Peková. Uvedla, že vyšetřili již desítky lidí, kteří si test za 1264 korun koupili. Oficiální testy od státu vyjdou podle oficiálního vyjádření na 5000.
Zdroj: https://www.lidovky.cz/domov/mezi-lidmi-roste-zajem-o-soukrome-testy-na-koronavirus-stat-nad-nimi-chce-mit-kontrolu.A200304_221733_ln_domov_rkj

 

Jaká je současná epidemiologická  situace  18.3. 2020?  prosím  podívejte se na čísla.  

( Situace  z 18.3. v České republice . zhruba  7600 testů a 460 nemocných     znamená, že 6  procent pacientů testovaných bylo  positivních.

• u specificity  testu 90 %  by  i v případě   malého výskytu choroby  v laboratoři  vyšlo  positivních   760 vzorků – to je 10  % testované populace . to znamená každý desátý vyšetřený
• U specificity   95% í by 5 testů  ze 100  odebraných   bylo positivních . to znamená každý dvacátý

   

 

Malý matematický test.

Představte si, že v USA došlo včera k k prvnímu   vysoce virulentního kmenu viru  andromeda.  Došlo k tomu po nárazu havarované družice  v oblasti města Piedmont. stát Arizona. Po kontaktu s částmi družice došlo  k nakaze prvního neopatrného  sběratele  trofejí.  Bližší informace o důvodu vzniku viz kniha The Andromeda Strain  - Michael Crichton vydáno  v pátek  třináctého 2022.  Vzhledem  k tomu, všechny vědecké týmy pracují  ze všech sil,  byl diagnostický test dostupný do 5 hodin.  Městečko Piedmont má  7600 obyvatel. Choroba se vyznačuje ůmrtím do 1 hodiny po nakažení a  armáda přichází se skvělým řešením.  Provede  rychlý test všech  obyvatelů města a všechny  positivní pacienty izoluje.  Co se stane? V tomto případě si můžete sami zvolit 2 testy s různými parametry.  

První diagnostický test sensivita  je 70 procent a specificita je 90 % na přítomnost  viru andromedy 

 

Druhý diagnostický  test  který má specificitu 95 % a sensitivitu 70%na přítomnost  viru andromedy

  

 

Na tomto případě vidíte že testy se specificitou kolem 90-  95 %  u choroby s malým výskytem by   měly podobné výsledky jako současná epidemie i kdyby přítomnost nemocných byla velmi malá. Většina pacientů by byla v testech označených za nemocné tedy falešně positivní.

Pokud by se nejednalo o epidemii , docházelo by pouze  k lineárnímu nárůstu  počtu infikovaných v závislosti na  počtů testů   a nikoliv exponenciále jako u infekce.

 

Bude zajímavé sledovat  oficiální ůdaje ministerstva zdravotnictví.    zde předkládáme současný vývoj epidemie Coronaviru. Pokud by se jednalo  místo závažné epidemie    o pouhý záchyt falešně positivních diagnos, pak by stačilo srovnat množtví testů provedených v populaci a množství tak zvaně infikovatných.  pokud by číslo  diagnostikovaných bylo zhruba mezi  číslem ( 94 % specificita) 0,06 násobeno   počtem provedených  testů a číslem (90% specificita )  0,1 násobeno počtem provedených testů  , pak se stále mohlo jednat  jen  o  falešně positivní  výsledky v případě velmi malého výskytu nemoci.   Možná by to vysvětlilo objev  novinářů , že v české republice Coronavirus nikoho nezabil.  

 

Pokud chcete ještě několik informací o pravěpodobnosti v medicíně . můžete sledovat naši ůvahu , kterou jsme napsali již před několika lety  

 

 

 

 

 

 

 

 

Až dojde k nárůstu pacientů ležících na ARO v těžkém stavu s chřipkovitými příznaky a nálezem typickým pro Coronavirus na CT plic , a počet těchto případů  bude stoupat podle zákonů typických pro epidemii, pak můžeme mluvit o závažné situaci. Do té doby je většina positivních výsledků na přítomnost Coronaviru falešně positivní !!!! Epidemie nelze podceňovat, a s pravděpodobností hraničící téměř s jistotou lze očekávat, že epidemie ještě neznámých chorob se budou objevovat i v budoucnosti nebo epidemie chorob které jsme si mysleli že nás již neohrozí . Pokud by došlo k úniku viru pravých neštovic ze 2 laboratoří , kde jsou uchovávány, pak by došlo k takové epidemii, o které raději ani nepřemýšlejte.
https://cs.wikipedia.org/wiki/Prave_nestovice

Co by nás, jako občany české republiky mělo zajímat  v případě  závažné epidemie ? Je nutné sledovat statistiku úmrtí  v průběhu posledních  let .  To je jediný   údaj, který by neměl  být ovlivněn ani nejdivočejšími konspiračními  teoriemi nebo hloupostí.   Pokud bude počet úmrtí stejný zítra , pozítří a  jako před rokem ve stejnou dobu , pak se není čeho bát. Nelze se však denně  strašit  výsledky laboratorních testů.  Epidemie, které prožilo a ještě prožije lidstvo se zatím s Coronavirem nekoná.  Naši  předci přežily hladomory, epidemie a my,  jejich potomci jsme si přenesli  z jejich genů  ty  nejlepší,  které nám pomohou podobné   situace  překonat nebo se adaptovat.  Jen  bych chtěl  pro odlehčení  uvést studii o úmrtnosti   populace za  stávky lékařů v Californii v roce 1976 -  pokud lékaři stávkovali , došlo při snížení plánovaných operací k poklesu úmrtí.  Podobné výsledky měly i stávky lékařů v Izraeli.  Pokud nedošlo ke snížení, pak alespoň nedošlo ke zvýšení  počtu úmrtí  během doby, kdy naši kolegové se skalpelem  nezachraňovali pacienty s maximálním nasazením.  Pokud dochází k v současné době  pro riziko  Coronaviru  ke snížení  plánovaných výkonů,  byla by nyní skvělá šance prokázat, že v  české republice  k   podobné  nadbytečné péči nedochází.
Jediná prevence proti epidemiím infekcí  je hygiena a proočkovanost populace. Instalatéři vytvořením rozvodů čisté vody zachránili více životů než lékaři!!! a při tom hygienické podmínky v naší zemi upadají, očkování je téměř sprosté slovo .
Jednoduchým  indikátorem hygieny a stavu společnosti je přítomnost epidemií a promořenost chorobami jako například syfilis, HIV , TBC.  Salmonelos, hepatitid  , štěnic a vší nebo závislosti na drogách nebo internetu. Pokud případy těchto chorob budou stoupat, tak se možná dočkáme i moru a cholery , lepry.   Současná situace informování a fungování medií a reakce populace tzv. Civilizovaného světa (  V České republice  skutečně nejsme hloupější než ostatní ) spíše připomíná pro pesimisty Orwelovu knihu ˇˇ 1984ˇˇ nebo  pro optimisty film Sexmise ( bílí  heterosexuální muži nakonec  uniknou   feministickým  představitelkám,  kterým v převleku  velí, starý zženštilý bílý  asexuální muž  a zjistí,  že svět není  zničen ).